Dans l'industrie agro-alimentaire, un moyen d' augmenter les profits est de réduire les coûts. Une croissance plus rapide causée par la modification du matériel génétique d'un animal est une façon de le faire. Mais le génie génétique soulève des questions complexes pour les écosystèmes et les consommateurs.

Une enquête faite par CTV News en 2010 a comparé la valeur nutritive du saumon sauvage à celle du saumon d’élevage. Les résultats prouvent que le saumon sauvage est beaucoup plus nutritif; chaque 100 grammes contient 8 fois plus de vitamines D et trois fois plus de vitamines A. L’étude montre que le saumon d’élevage a un taux plus élevé en gras et peut être plus riche en oméga-3, mais d’un autre côté cela signifie aussi que le poisson peut ainsi accumulé plus de toxines dans sa chair comme par exemple les PCB.

Les filets peuvent se déchirer et quand cela arrive les saumons s’échappent. Entre 1987 et 1996, plus de 1 million de saumons d’élevage se sont échappés dans les eaux de la Colombie-Britannique. Des efforts pour améliorer la situation ne connaissent pas le succès escompté et on rapporte 111,000 saumons fugitifs pour l’année 2008.

L’élevage du saumon attire une faune marine diversifiée à la recherche d’un repas gratuit. Mais cette attraction peut être fatale pour le prédateur en quête de nourriture. Même s’il est interdit d’abattre de la faune marine, les éleveurs de saumon peuvent éliminer les phoques communs et les lions de mer de Californie qu’ils estiment nuisibles à leur élevage. 

Naturellement, les parasites sont présents dans l’environnement mais le danger en confinant en grand nombre de saumon en enclos pour une longue période de temps est que ça permet la création d’un environnement propice à la multiplication et à la propagation du pou de mer. Les courants marins aident à la dispersion des oeufs de pou d’un enclos à l’autre et aussi dans l’environnement. Plusieurs de ces fermes d’élevage sont situées dans des zones abritées côtières qui sont une partie importante de la route migratoire des saumons sauvages.

Les élevages de saumons sont stratégiquement situés dans des endroits le long de la côte pour mieux profiter des courants marins qui sont riches en oxygène essentiel à l'espèce. Ces courants dispersent aussi gratuitement tous les déchets produits par les fermes d'élevage. Toutefois, il y a des coûts environnementaux associés à cette pratique; les déchets produits (sécrétions et déchets alimentaires) par ces fermes se déposent sur le fond marin et changent sa composition chimique et sa diversité biologique.

Les pathogènes, d’origine virale ou bactérienne, sont des micro-organismes qui peuvent causer des épidémies autant chez les animaux que chez les plantes. Tout être vivant est exposé à ces agents pathogènes dans leur environnement naturel. Ils sont aussi présents dans le milieu marin et en affectent ses habitants. Avec l’élevage du saumon, les enclos à filets ouverts augmentent considérablement la densité de poissons dans un espace fermé pour une durée prolongée.

On entend par prise accessoire la capture accidentelle d’espèces marines autres que les espèces cibles que l'on pêche ou qui sont en ferme d'élevage.